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實驗原理
聚合酶鏈式反應-單鏈構象多態（Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism，PCR-SSCP）技術是在PCR技術基礎上發展起來的，它是一種簡單、快速、經濟的用來顯示在PCR反應產物中單堿基突變（點突變）的手段。該方法已被用做癌基因和抑癌基因突變的篩查檢測，遺傳病的致病基因分析和基因診斷，基因制圖等領域。
在SSCP測定中，雙鏈DNA（dsDNA）被變性成為單鏈DNA（ssDNA），每一條單鏈DNA都基于它們的內部序列而呈現出一種*的折疊構象，即使同樣長度的DNA單鏈因其堿基順序不同、甚至單個堿基的不同會形成不同的構象。這些單鏈DNA在非變性條件下，用非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，單鏈DNA的遷移率和帶型，都取決于其折疊構象和電泳時的溫度。
試劑與材料
1．樣本DNA（100 ng/ml）、MTHFR上下游引物（5 pmol/ml）、Taq DNA聚合酶（5 U/ml）、10×PCR反應緩沖液、4×dNTPs（2.5 mmol/L）、30%丙烯酰胺（交聯度49:1）、5×TBE緩沖液、10%過硫酸銨（現用現配）、TEMED、甲酰胺上樣緩沖液、固定液、銀染液、顯色液。
2．微量加樣器、PCR自動熱循環儀、聚丙烯酰胺凝膠電泳裝置。
實驗步驟
一、PCR反應
20 ml反應體系成分如下：
模板DNA（100 ng/ml） 1 ml
10×PCR反應緩沖液 2 ml
Taq DNA聚合酶（5 U/ml） 0.2 ml
4×dNTPs（2.5 mmol/L） 1 ml
MTHFR上下游引物 各 1 ml
ddH2O 加至終體積 20 ml
PCR反應循環參數：
95℃ 5 min；
94℃ 30 s、62℃ 50 s、72℃ 90 s，共30個循環；
72℃ 7 min。
反應結束后，置4℃保存。
二、非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳
1．制備6%的非變性聚丙烯酰胺凝膠：30%聚丙烯酰胺（交聯度49:1）10 ml，5×TBE緩沖液10 ml，加蒸餾水至50 ml，加TEMED 25 ml、10%過硫酸銨250 ml，混勻后灌膠，插入加樣梳子。待膠*聚合后，拔出加樣梳子，安裝電泳裝置，加入電泳緩沖液（1×TBE），緩沖液應高于加樣孔上緣，用注射器吸取緩沖液沖凈加樣孔。
2．取5 ml 擴增產物加10 ml變性上樣緩沖液混勻，98℃變性10 min，迅速冰浴。
3．取5 ml混合液加到點樣孔中，以1～8 V/cm電泳4～5 h。
三、聚丙烯酰胺凝膠染色
1．拆下電泳裝置，取出聚丙烯酰胺凝膠，放到一個塑料盤內，用蒸餾水沖洗1～2遍。
2．倒入固定液，固定8～10 min。
3．用蒸餾水沖洗1～2遍；倒入銀染液，銀染10～12 min。
4．用蒸餾水沖洗若干遍；倒入顯色液，顯色至出現清晰的銀染帶。
5．用蒸餾水浸泡聚丙烯酰胺凝膠，觀察PCR-SSCP結果。
結果判斷
觀察并記錄聚丙烯酰胺凝膠上的DNA單鏈帶，根據異常泳動變位篩查突變樣本。
應用
在遺傳學方面的有廣泛的應用，例如，癌基因或抑癌基因的基因突變的篩查，遺傳病的致病基因的突變篩查和基因診斷等。
注意事項
1．靶DNA序列長度不宜過長，否則靈敏度下降。
2．DNA樣品在電場中泳動的長度一般要求在16～18 cm以上。
3．染色在塑料盤中進行。
