當高溫烘箱溫度跳動比較大及不穩定時可進行系統自整定。自整定過程中溫度會有較大過沖，用戶在進行系統自整定前請充分考慮此因素。

在系統自整定過程中若有上偏差超溫報警，“ALM”報警燈不亮，蜂鳴器也不鳴叫，但加熱報警繼電器會自動斷開。在系統自整定過程中“設定”鍵無效。在系統自整定過程中無論是否有恒溫時間設定，控制器顯示窗下排總是顯示溫度設定值。

在高溫烘箱非設定狀態下長按“移位/自整定”鍵6秒后進入到系統自整定程序，“AT”指示燈閃爍，自整定結束后該指示燈停止閃爍，控制器會得到一組更佳的系統PID參數，參數值自動保存。在系統自整定過程中長按“移位/自整定”鍵6秒后可中止自整定程序。