二氧化碳培養箱污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，所以要減少和防止污染的發生，主要途徑是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，采取消毒措施。
例如，針對箱內濕熱環境易滋生細菌等問題，我們采用在1000 mL水中加2 mL新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內空氣，培養物酒精擦拭人箱內，盤里的水至少要一周換一次，控制污染，可以維持適應的蒸發作用，減少箱內微生物滋生速度。
為了培養箱免受污染并且儀器箱體內的生物清潔性，有些二氧化碳培養箱設計了自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。目前有多種消毒滅菌方式， 如帶有紫外消毒功能的CO2培養箱。
還有的設計生產了HEPA過濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3/an以上的顆粒，此外，還有設計了能使箱內達到高溫濕熱的環境從而殺死污染微生物，達到消毒滅菌目的的培養箱。
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