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技術(shù)文章

聚合酶鏈反應(yīng)

點(diǎn)擊次數(shù):1178 發(fā)布時(shí)間:2017-8-22


PCR-SSCP分析的基本程序?yàn)椋菏紫萈CR擴(kuò)增特定靶序列,然后將擴(kuò)增產(chǎn)物變性為單鏈,進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。在不含變性劑的中性聚丙烯酰胺凝膠中電泳時(shí),DNA單鏈的遷移率除與DNA鏈的長(zhǎng)短有關(guān)外,更主要的是取決于DNA單鏈所形成的構(gòu)象。在非變性條件下,DNA單鏈可自身折疊形成具有一定空間結(jié)構(gòu)的構(gòu)象。這種構(gòu)象由DNA單鏈堿基決定,其穩(wěn)定性靠分子內(nèi)局部順序的相互作用(主要為氫鍵)來(lái)維持。相同長(zhǎng)度的DNA單鏈其順序不同,甚至單個(gè)堿基不同,所形成的構(gòu)象不同,電泳遷移率也不同。PCR產(chǎn)物變性后,單鏈產(chǎn)物經(jīng)中性聚丙烯酰胺凝膠電泳,靶DNA中含單堿基置換,或數(shù)個(gè)堿基插入或缺失等改變時(shí),因遷移率變化會(huì)出現(xiàn)泳動(dòng)變位,從而可將變異DNA與正常DNA區(qū)分開(kāi)。由此可見(jiàn),PCR-SSCP分析技術(shù)是一種DNA單鏈凝膠電泳技術(shù),它根據(jù)形成不同構(gòu)象的等長(zhǎng)DNA單鏈在中性聚丙烯酰胺凝膠中的電泳遷移率變化來(lái)檢測(cè)基因變異。該技術(shù)已被廣泛用于癌基因和抗癌基因變異的檢測(cè)、遺傳病的致病基因分析以及基因診斷、基因制圖等領(lǐng)域。
為了高靈敏特異性地顯示SSCP分析結(jié)果,現(xiàn)已發(fā)展多種PCR-SSCP技術(shù),各有其優(yōu)勢(shì)及適用領(lǐng)域。例如,可以在PCR擴(kuò)增中用同位素或熒光素等標(biāo)記引物或核苷,也可以在電泳后用銀染或溴化乙錠染色以顯示結(jié)果。這里將重點(diǎn)介紹zui常用的放射性同位素PCR-SSCP法。在進(jìn)行PCR擴(kuò)增特定靶基因序列時(shí),利用γ-32P-ATP標(biāo)記引物或直接在PCR反應(yīng)體系中加入α-32P-dCTP進(jìn)行PCR擴(kuò)增,使擴(kuò)增產(chǎn)物帶有同位素標(biāo)記物,然后將擴(kuò)增產(chǎn)物變性為單鏈進(jìn)行非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,放射自顯影顯示結(jié)果。利用引物標(biāo)記或堿基摻入法使PCR擴(kuò)增產(chǎn)物帶有同位素標(biāo)記物,均可使產(chǎn)物信號(hào)增強(qiáng)幾個(gè)數(shù)量級(jí)。二者相比較,前者經(jīng)濟(jì)、擴(kuò)增特異性強(qiáng),多用于大樣本的檢測(cè)和篩選;后者操作簡(jiǎn)便,適于一般實(shí)驗(yàn)室開(kāi)展,可用于小樣本或大樣本的檢測(cè)和篩查。本節(jié)僅介紹同位素標(biāo)記堿基摻入法。
一、試劑準(zhǔn)備
⒈ PCR相關(guān)試劑
⒉ α-32P-dCTP
⒊ 30%聚丙烯酰胺(29:1):丙烯酰胺29g、甲叉雙丙烯酰胺 1g,溶于100ml ddH2O中,4 OC保存。
⒋ 10%過(guò)硫酸胺配制方法:1g 過(guò)硫酸胺,溶于10ml ddH2O中,4 OC保存(可用數(shù)周)。
⒌ TEMED(N,N,N,N’,N’-四甲基乙二胺)
⒍ 5×TBE緩沖液:Tris堿54g、硼酸27.5g、0.5M EDTA(pH 8.0) 20ml,加ddH2O至1000ml。
7.變性上樣液:95% 甲酰胺、0.03%二甲苯青、0.05%溴酚藍(lán)、 20mM EDTA(pH 8.0)
二、操作步驟 
⒈ PCR擴(kuò)增
反應(yīng)總體積為10μl,在0.5ml微量離心管中加入下列反應(yīng)成分:
10×buffer 1μl
dNTPmix 70μM
DNA模板 100ng
引物及Taq DNA酶 依實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)要求按比例加入
α-32P-dCTP 0.1μl
加ddH2O至 10μl
 

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