歷史沿革： 籌建于1958年10月，1959年8月正式成立，時稱中國科學院上海理化研究所，2003年6月經國家批準定為現名。擁有兩大園區，分別坐落于上海市科技衛星城嘉定區和浦東張江高科技園區，占地面積共約700畝。我所是專業從事民用核技術科學研究的國立研究所，以光子科學、核科學技術及相關交叉學科研究為主，同時積極推進科研成果產業化。發展目標是：用15年左右時間，建設成*水平的光子科學研究中心和基于核科學技術的多學科綜合性科學研究基地。
學科方向:
機構設置： 分為研究部門、支撐部門、管理部門三大類。上海應用物理所是國家重大科學工程——上海光源（SSRF）工程的承建單位和運行單位，建有“中國科學院核分析技術重點實驗室"、“上海市低溫超導高頻腔技術重點實驗室"。
人員狀況： 截至2008年底，全所在職職工共750人，其中科技人員499人，中國科學院院士1人，研究員77人。設有粒子物理與原子核物理、核技術及應用、無機化學3個博士學位培養點，粒子物理與原子核物理、核技術及應用、無機化學、光學工程、電磁場與微波技術、信號與信息處理、生物物理學7個碩士學位培養點，物理學、核技術及應用2個博士后流動站。在學研究生345人，其中博士生155人；在站博士后12人。
在研（建）重大項目： 上海光源（SSRF）國家重大科學工程，國家973項目“基于超導加速器SASE自由電子激光的關鍵物理及技術問題研究"、“人工納米生物機器構筑與生物醫學應用的基礎研究"，國家發展改革委民用非動力核技術高技術產業化專項“輻射改性功能型高分子新材料高技術產業化示范工程"、“輻射加工用新型電子加速器系列產業化示范工程"，中科院創新重大項目“核技術應用的關鍵技術"等。
突出成果： 建所以來共取得科研成果600余項，成功研制出我國*臺自行設計建造的1.2米回旋加速器，后改建為1.4米等時性回旋加速器并在其上完成新核素Pt-202的合成與鑒別，實現了我國在新核素合成領域零的突破；研制成功世界上*臺超靈敏小型回旋加速器質譜儀；研制生產出我國*個載入國家藥典的放射性藥物。由該所承建的上海光源是一臺高性能的中能第三代同步輻射光源，由中國科學院與上海市政府共同向國家建議和建設，于2004年底開工，按期于2009年4月竣工。獲各類科技獎項164項，其中國家科技進步獎5項、國家自然科學獎4項；“重離子核反應的集體效應、奇異核產生及其性質研究"、“重質量豐中子新核素的合成鑒別和研究"獲國家自然科學二等獎。
交流與合作： 上海應用物理所堅持開展多層次的交流與合作，與上多家同步輻射（光子科學）建立了雙邊合作關系，如英國DIAMOND，瑞士PSI，德國BESSY-II、Rossendorf，意大利ELETTRA、INFN，日本的SPring-8、KEK、JAEA、JSSRR、SSLAC 、韓國PLS、新加坡SSLS、澳大利亞的Aus Synch、美國的BNL、ANL、LBNL、SLAC。此外，該所于2001年作為STAR的正式成員單位，加入美國RHIC的合作組。
學術刊物： 主辦《核技術》《核科學技術（英文版）》《輻射研究和輻射工藝學報》等學術刊物。上海市核學會、中國核學會輻射研究與輻射工藝學分會掛靠本所。
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