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1、壓力蒸汽滅菌器根據冷空氣排放方式的不同，分為下排氣式和預真空式二大類。下排氣式壓力蒸汽滅菌器也稱重力置換式壓力蒸汽滅菌器，其滅菌是利用重力置換的原理，使熱蒸汽在滅菌器中從上而下，將冷空氣由下排氣孔排出，排出的冷空氣由飽和蒸汽取代，利用蒸汽釋放的潛熱使物品達到滅菌。預真空壓力蒸汽滅菌器的滅菌原理是利用機械抽真空的方法，使滅菌柜室內形成負壓，蒸汽得以迅速穿透到物品內部進行滅菌。根據抽真空次數的多寡，分為預真空和脈動真空二種，后者因多次抽真空，空氣排除更*，效果更可靠。
2、壓力蒸汽滅菌器可以使用外來的管道蒸汽，也可以使用與壓力蒸汽滅菌器配套的電蒸汽鍋爐隨時生產蒸汽。一些小型的下排氣式壓力蒸汽滅菌器還可以通過電爐、煤氣爐加熱滅菌鍋內的水并使之產生蒸汽達到滅菌目的。一般來說，外來管道蒸汽的汽源較充足，適于較大型的壓力蒸汽滅菌器，電蒸汽鍋爐單位時間產生的蒸汽量通常較小，需要較長的加熱時間。
3、傳統的壓力蒸汽滅菌器為單門，隨著人們對無菌操作的要求越來越嚴，雙側開門的壓力蒸汽滅菌器越來越多，這類滅菌器特別適用于有清潔區、污染區之分的場所，專門處理由污染區進入清潔區的污染物品，醫院、藥廠的一些滅菌物品在生產過程中也常使用雙門壓力蒸汽滅菌器。
4、根據蒸汽管在滅菌鍋內的位置有套層式、套管式之分，前者的蒸汽管在滅菌鍋腔體外，是經典的方式，具有不占容積、便于滅菌物品排放和便于滅菌鍋維護的特點。后者的蒸汽管在滅菌鍋腔體內，具有加工較方便，傳熱面積廣、加熱更直接迅速的特點。
5、由于壓力滅菌器的容積大小與滅菌效果和監測方法有關，標準化委員會將容積小于60升的壓力蒸汽滅菌器歸為小型壓力蒸汽滅菌器。根據滅菌器的形狀特性，還有立式、臥式、臺式、移動式壓力蒸汽滅菌器的區別。
6、普通的壓力蒸汽滅菌器在設計時一般不考慮排出的冷空氣對環境的污染，但處理有傳染性的物品時需要對冷空氣進行消毒處理，特別是生物安全實驗室的壓力蒸汽滅菌器在排氣管道上都應該有冷空氣消毒處理裝置。