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PCR反應條件的控制：

1.  PCR反應的緩沖液提供合適的酸堿度與某些離子 。 

2.  鎂離子濃度 總量應比dNTPs的濃度高，常用1.5 mmol/L。

　　
3.  底物濃度dNTP以等摩爾濃度配制，20～200 umol/L。

　
4.  TaqDNA聚合酶2.5U(100 ul）。

　　
5.  引物濃度一般為0.1 ～0.5 umol/L。

　
6.  反應溫度

（1）變性溫度和時間95℃，30 s。

（2）退火溫度和時間 低于引物Tm值5 ℃左右，一般在45～55℃。

（3）延伸溫度和時間72℃，1 min/kb(10 kb內）。

（4）Tm值=4(G+C) +2(A+T)

7.  循環次數 ：一般為25 ～30次。循環數決定PCR擴增的產量。模板初始濃度低，可增加循環數以便達到有效的 擴增量。但循環數并不是可以無限增加的。一般循環數為30個左右，循環數超過30個以后，DNA聚合酶活性逐漸達到飽和，產物的量不再隨循環數的增加而增加，出現了所謂的“平臺期"。

二、PCR的循環參數
 
1.  預變性（Initial denaturation）

模板DNA變性與PCR酶的激活對PCR能否成功至關重要，建議加熱時間參考試劑說明書，一般未修飾的Taq酶激活時間為兩分鐘。

2.  循環中的變性步驟

循環中一般95℃，30秒足以使各種靶DNA序列變性，可能的情況下可 縮短該步驟時間，變性時間過長損害酶活性，過短靶序列變性不好，易造成擴增失敗。

3.  引物退火（Primer annealing）

退火溫度需要從多方面去決定，一般根據引物的Tm值為參考，根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然后在此次實驗基礎上做出預估。

退火溫度對PCR的特異性有較大影響。

4.  引物延伸

引物延伸一般在72℃進行（Taq酶最適溫度）。但在擴增長度較短且退火溫度較高時，本步驟可省略

延伸時間隨擴增片段長短而定，一般推薦在1000 bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生設定為1 min/kbp。

5.  循環數

大多數PCR含25-40循環，過多易產生非特異擴增。

6.  最后延伸

在最后一個循環后，反應在72℃維持5-15分鐘．使引物延伸，并使單鏈產物退火成雙鏈。