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PCR對(duì)照試驗(yàn)一般都會(huì)加陰性對(duì)照，陽性對(duì)照。如果你只想檢控PCR操作及擴(kuò)增，就加水作為陰性對(duì)照，陽性質(zhì)粒或者DNA作為陽性對(duì)照。
如果你想監(jiān)控整個(gè)核酸提取過程，及PCR過程的話，那就從核酸提取開始，就將水作為陰性樣本做對(duì)照，含模板DNA的菌或者病毒或者組織作為陽性對(duì)照。然而，PCR對(duì)照試驗(yàn)結(jié)果好卻沒回收到目的片段參考見解：

　　1、 連接用室溫保溫1小時(shí)，能滿足大多數(shù)克隆，為提高效率，需4oC過夜。

　　2、 插入片段帶有污染，使3`-T缺失，或抑制連接，抑制轉(zhuǎn)化。為此，將插入片段和pGEM-T正對(duì)照混合，再連接。如降低了對(duì)照的菌落數(shù)，插入片段需純化，或重新制備。如產(chǎn)生大量的藍(lán)斑，插入片段污染有核酸酶，使pGEM-T或pGEM-T Easy載體3`-T缺失。

　　3、插入片段不適于連接。用凝膠純化的插入片段，因受UV過度照射，時(shí)有發(fā)生。UV過度照射會(huì)產(chǎn)生嘧啶二聚體，不利于連接，DNA必需重新純化。

　　4、 帶有修復(fù)功能的耐熱DNA聚合酶的擴(kuò)增產(chǎn)物末端無A，后者是pGEM-T或pGEM-T Easy載體克隆所需。加Taq DNA聚合酶和核苷酸可在末端加A。詳情查pGEM-T pGEM-T Easy載體技術(shù)資料（TM042）。

　　5、高度重復(fù)序列可能會(huì)不穩(wěn)定，在擴(kuò)增中產(chǎn)生缺失和重排，如發(fā)現(xiàn)插入片段高頻率地產(chǎn)生缺失和重排，需用重組缺陷大腸桿菌菌株，如SURE細(xì)胞