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尼康生物顯微鏡E100采用了尼康的CFI無限遠光學系統，同時對色差和場曲進行了校正，使其工作距離更長，數值孔徑更高。其的BE平場消色差系列物鏡是專為尼康生物顯微鏡E100設計的，進一步確保了在各個放大倍數下都能得到清晰明亮的圖像。
尼康生物顯微鏡E100是一款具有光學性能及合理人機學設計的光學顯微鏡。
另外所配置的聚光器上更帶有孔徑光闌和4×、10×、40×、60×、100×物鏡的位置指示標簽，進一步確保了簡單快捷地切換物鏡，使用者能得到更*的影像。
尼康生物顯微鏡E100使用的三目鏡筒時更可以連接數碼相機。可以通過點擊“拍攝模式”來自動設置與觀察技術匹配的*拍照條件，還可以輕松存儲*影像。
同時其同軸粗/微調旋鈕位于桌平面高度，調焦旋鈕和載物臺手柄更采用人機學設計，與操作者的距離保持相同，更可以在正常坐姿下輕松進行調節。另外粗調的扭矩也是可以調節的。
采用了長壽命6V-20W鹵素燈可以調節到6V，使得更換更常簡便。
尼康e100的機身設計很緊湊，且重量很輕，只需一個儲存箱就可以輕松實現該儀器的運輸和保管。
同時也使用相差環可以在10× 和40×觀察到相差影像。當相差環置于光路中時，孔徑光闌會自動打開。另外有100×的相差環和10×、20×、40×物鏡的暗場環等多種可選附件。
在沒有電源時也可以靈活使用鏡面單元。同時可用反射鏡組件替換場鏡的操作非常簡易。
目鏡筒傾斜角為30º，使用者在正常坐姿下可以舒適地觀察樣本。同時可通過簡單擺動目鏡筒的前部，以調節眼點高度，一般可達34mm，更方便找到的觀察高度。另外，其擁有的瞳間距調節和屈光度調節使其適用于多數使用者靈活操作。
配置的載物臺可以很好的控制XY軸的行程。載物臺附件也包括載玻片標本夾。
采用了尼康顯微鏡研發的新型CFI BE平場物鏡，能更好的對對整個視場的場曲和色差進行特殊校正，是于E100的。所以使其在所有放大倍數下都可以得到清晰明亮的影像。
在物鏡、目鏡及目鏡筒中都使用了防霉涂層和防霉條，很好的避免了在高濕度的環境中使用產生任何霉變。
尼康生物顯微鏡E100更采用了Siedentopf型目鏡筒，能保證精確的目鏡筒長度。同時有雙目和三目兩種型號可供選擇。顯微數碼相機（CCD）也可以聯機在三目鏡筒上使用。
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