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1. 抗體的用途
    新開展一個研究項目，弄清楚所感興趣的蛋白的一些基本特性是很有必要的，特別是如果知道蛋白的結構會對選擇抗體易于接觸和識別的識別區域有很大的幫助。然而，在沒有這樣的結構信息的情況下，了解研究的用途會影響多肽設計的策略。

2. 識別區域的選擇原則
    一般說來的抗原性識別區域應具備親水、位于蛋白表面和結構上易變形性等特點。因為在大多數的天然環境中，親水區域傾向于集中在蛋白表面，而疏水區域常常被包裹在蛋白內部，同樣道理，抗體只能與在蛋白表面發現的識別區域相互作用，而當這些識別區域有足夠的結構易變形性而轉移到抗體可接觸的位置時，將會與抗體間有很高的親和性。