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如何對核酸染料進(jìn)行評價?

2023-7-11  閱讀(1921)

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  核酸染料目前已經(jīng)有很多種類型,我們在做實(shí)驗(yàn)進(jìn)行選擇的時候,有哪些因素制約著我們呢,我們應(yīng)該用哪些指標(biāo)去評價它們,最終找到適合的染料呢?下面從安全性、靈敏度、穩(wěn)定性、對染色效果的影響(比如染色方法、遷移率等)以及價格等方面來對染料進(jìn)行評價。
  

核酸染料

 

  1、安全性
  
  如果選擇EB替代染料,那么染料的安全性就是一個非常重要的指標(biāo)。安全性評估主要的檢測有Ames測試、細(xì)胞滲透性實(shí)驗(yàn)、染色體畸變和正向突變分析、口服毒性分析等。在安全性方面,具有較多檢測項(xiàng)目和機(jī)構(gòu)出具檢測報(bào)告的染料,安全性可能會更高;另外在一些報(bào)道或?qū)Ρ葦?shù)據(jù)中,我們也可根據(jù)它們可能的原料來判斷它們的安全性。
  
  2、靈敏度
  
  幾乎所有的EB替代染料都宣稱其染料的靈敏度至少不低于EB,甚至高于EB,具體到試驗(yàn)內(nèi)容上,只要不是有特殊的需求一般都能滿足。
  
  3、穩(wěn)定性
  
  核酸染料的穩(wěn)定性和在各種條件下的染色效果,會直接影響觀察到的染色結(jié)果。
  
  4、遷移率
  
  在介紹遷移率之前,先了解下常用的染料電泳中應(yīng)用的3種方式。
  
  (1)點(diǎn)染法:是指將染料、樣品和上樣緩沖液混在一起,直接在膠上點(diǎn)樣;
  
  (2)膠染法:是指在將融膠倒入膠板前,把染料加入融化的瓊脂糖凝膠溶液中混勻,然后再倒入膠板,這種方法也是常用的方法;
  
  (3)泡染法:是指在電泳時不加入任何染料,在電泳完成后,將膠置入含有一定濃度染料的染液中進(jìn)行染色。
  
  由于所有的核酸染料最終都會結(jié)合到DNA上,才能通過染料從而對DNA進(jìn)行分析,這也就意味著如果采用點(diǎn)染法或膠染法進(jìn)行核酸檢測時,根據(jù)使用的染料不同,染料或多或少會對核酸的遷移率甚至帶型產(chǎn)生影響。一般來說,染料分子越大,安全性會越高;但同時,用膠染法對電泳的遷移率或帶型影響就越明顯,雖然可以通過減少核酸上樣量等方式來進(jìn)行改善,但仍達(dá)不到泡染法的效果。這也是為什么大多數(shù)染料(低毒/無毒)廠商建議,采用泡染法來得到準(zhǔn)確、漂亮的核酸帶型。
  
  當(dāng)然,對帶型、遷移率等的影響除了核酸染料外,還有其它的影響因素,比如瓊脂糖的質(zhì)量,電泳緩沖液的緩沖能力等都有可能對帶型和遷移率產(chǎn)生影響。

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