實驗室離心機在醫療、制藥等相關行業的使用過程中對環境的要求提出了很高的要求，在高等級環境要求下，比如在無菌車間，就有萬級、十萬級等車間，良好的密閉性能可使得外部與機器內部保持有效的隔離。一般而言，使用方在訂貨時應告知離心機制造商，提出密封要求。生產制造商應對離心機的密閉性能進行改進設計，并在制造時充分體現，一般在以下幾個部位著重考慮：
機蓋的密封：機蓋因是可翻式，與機殼接合面應有可靠的密封措施，如果因密封結構或材質防腐失效，就可能造成液、氣相的泄漏，對環境、人員造成傷害。密封槽結構、密封條的防腐性能，在設計與選用時應充分考慮其密封性能和可靠性能。對于進料管、洗滌管、觀察鏡等附加裝置的安裝接口，也應有可靠的密封措施。
軸承位的密封：對于主軸螺母、軸承位的密封，以前的傳統機型在這方面的密封措施比較簡易，只能做到相對密封。如主軸螺母部位，主軸螺母與轉鼓接合面，一般不設置密封圈，離心機在運行過程中液相、氣相滲入，對主軸錐面產生腐蝕，甚至滲入軸承中，對軸承產生破壞，從而影響機器的正常使用。上軸承蓋一般都設置骨架式密封等結構，但上軸承蓋與轉鼓錐孔之間的一部分則暴露在外，離心機內腔中的氣相，則可能對主軸暴露面產生腐蝕。制藥行業所用的離心機，其所分離的物料中大都有機溶劑或酸、堿、鹽等介質，因此在訂購設備時應充分考慮到這些部位的密封要求。
傳統離心機其傳動帶是敞開式的，只是在電機端設置一防護罩，主要是從安全角度出發，以提高其使用安全性，但對于磨擦所產生的粉塵對環境的污染則沒有加于控制，如在潔凈區內使用是不可行的，因此，必須對傳動帶工作區域密閉起來，以防止磨擦粉塵的外泄。
其它部位（出液管、進料管、出料斗等接口部位）：對于離心機的外接管道，如進料管、洗滌管、清洗管等管道，一般情況下選用法蘭安裝方式，以保證其接口的密封性能，對于一些潔凈度要求很高的場合，其接口應選用衛生級快開接口裝置，以便于清洗
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