二氧化碳培養箱對于細胞來說，非常理想的培養環境同樣也適合這些污染物的生存，培養箱本身是不會辨別的，而細胞培養中大部分時間里細胞都是位于培養箱內，因此二氧化碳培養箱體內能否抑菌或滅菌非常關鍵!
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發現，但是一旦發現有它的存在細胞就被污染了;目前沒有好的抑制方法，包括現在常用的兩性霉素，一旦污染容易反復爆發，尤其孢子很難殺滅。

細菌：細菌污染后，培養基1-2天就會變色，對細胞生長影響明顯，應迅速將污染細胞與其它細胞系隔離，滅菌后丟棄，還要用實驗室消毒劑消毒培養器皿和超凈臺。

病毒：由于病毒寄生生存，爆發后盡快和正常細胞隔離，丟棄處理，相對來說容易處理，對操作者威脅較大;盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但生產疫苗是不安全的。二氧化碳培養箱，因此，潛在病毒是細胞大量生產和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。
支原體：支原體污染后，因為它們不會使細胞死亡可以與細胞長期共存，培養基一般不發生渾濁，細胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺，實則細胞已經受到多方面潛在影響，如引起細胞變形，影響DNA合成，抑制細胞生長等，往往被大多數實驗者忽視。

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