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氣相色譜儀和質譜儀聯用技術中主要著重要解決兩個技術問題：

1.儀器接口

*，氣相色譜儀的入口端壓力高于大氣壓，在高于大氣壓力的狀態下，樣品混合物的氣態分子在載氣的帶動下，因在流動相和固定相上的分配系數不同而產生的各組分在色譜柱內的流速不同，使各組分分離，后和載氣一起流譜柱。通常色譜往的出口端為大氣壓力。質譜儀中樣品氣態分子在具有一定真空度的離子源中轉化為樣品氣態離子。這些離子包括分子離子和其他各種碎片離子在高真空的條件下進入質量分析器運動。在質量掃描部件的作用下，檢測器記錄各種按質荷比分離不同的離子其離子流強度及其隨時間的變化。因此，接口技術中要解決的問題是氣相色譜儀的大氣壓的工作條件和質譜儀的真空工作條件的聯接和匹配。接口要把氣相色譜柱流出物中的載氣，盡可能多的除去，保留或濃縮待測物，使近似大氣壓的氣流轉變成適合離子化裝置的粗真空，并協調色譜儀和質譜儀的工作流量。

2.掃描速度

沒和色譜儀聯接的質譜儀一般對掃描速度要求不高。和氣相色譜儀聯接的質譜儀，由于氣相色譜峰很窄，有的僅幾秒鐘時間。一個完整的色譜峰通常需要至少6個以上數據點。這樣就要求質譜儀有較高的掃描速度，才能在很短的時間內完成多次全質量范圍的質量掃描。另一方面，要求質譜儀能很快地在不同的質量數之間來回切換，以滿足選擇離子檢測的需要。