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一、標記策略
用MACS進行磁分離，zui重要的參數就是高質量的標記。對陽性細胞的標記應盡可能強，而背景要盡可能低，才能獲得對磁標記的陽性細胞和未標記的陰性細胞的分辨。有多種不同的標記策略可供參考：
1、直接標記
直接標記是zui快速和zui特異的磁標記方法。
2、間接標記
幾乎所有的單克隆抗體或多克隆抗體都可以用于間接標記。用無標記的、生物素化的或FITC、PE或APC結合的一抗標記細胞，再用抗免疫球蛋白、抗生物素、鏈霉菌親和素、抗FITC、抗PE、或抗APC的微珠分別進行磁標記。間接標記可以放大磁標記，用于分離表達比較弱的標記很有用。在間接標記中，以使用生物素化的或PE表記的一抗結果特異性。
二、磁分離柱的選擇
下表為德國Miltenyi公司的分離柱種類，其中 MS, LS, XS柱適合于正性細胞選擇，如果磁標記很強，也可用于負性選擇。Large Cell Columns與MS柱相比，孔徑較大，適合于人和動物大細胞的正性選擇，如巨核細胞。新的LD柱是為zui方便的負選設計，代替了AS 和BS柱。LD 柱和CD及D柱即使在磁標記很弱的情況下也能獲得zui高的負選效率。µ 和M柱是為分子生物學方面的應用而設計的。
三、分選策略
分選策略也要根據實際情況進行選擇
1、正性選擇（positive selection）
磁珠對細胞功能和活力的影響很小，因此一般首先應該考慮正選策略。正選具有速度快和單克隆抗體的特異性優勢，大多數情況下，正選省時省錢。
2、負性選擇（negative selection）
如果正選策略不適合您的實驗，比如有可能因抗體結合引起細胞活化或沒有針對靶細胞的特異性抗體，可以選擇負選策略。MACS
附：Miltenyi分離柱技術指標及圖片
