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CHORI-211: Zebrafish Tue (Tuebingen) strain (Danio rerio) BAC Library
CHORI-211 Tue株斑馬魚Danio rerio BAC庫(kù)是由Chung Li Shu和Kazutoyo Osoegawa博士在奧克蘭兒童醫(yī)院研究所BACPAC資源的Pieter De Jong實(shí)驗(yàn)室中構(gòu)建的。Gerd-Joerg Rauch博士從6名男性的睪丸中分離出基因組DNA，并用EcoRI和EcoRI甲基化酶的組合進(jìn)行了部分消化。選擇大小的DNA被克隆到EcoRI位點(diǎn)之間的pTARBAC2.1載體中。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化入DH10B電感受態(tài)細(xì)胞（BRL LIFE TECHNOLOGIES）。該文庫(kù)已被排列到384孔微量滴定皿中，并被網(wǎng)格劃分為六個(gè)22x22cm尼龍高密度過(guò)濾器通過(guò)探針雜交進(jìn)行篩選。每個(gè)雜交膜代表超過(guò)18,000個(gè)不同的斑馬魚BAC克隆，一式兩份。圖書館建設(shè)得到了分包合同的支持，該分包來(lái)自Max-Planck-Institut fuer Entwicklungsbiologie的Robert Geisler博士。他的BAC庫(kù)中的克隆已用作英國(guó)Sanger研究所基于克隆的測(cè)序項(xiàng)目以及德國(guó)Max Planx研究所的克隆指紋設(shè)計(jì)項(xiàng)目的一部分。可以使用“內(nèi)部” Sanger命名法或“外部” NCBI推薦的命名法在各種公共數(shù)據(jù)庫(kù)中找到這些克隆。例如，CH211-15B7（NCBI命名法）對(duì)應(yīng)于在第15行和第7列的相交處的微量滴定皿（384孔型）＃15中發(fā)現(xiàn)的克隆。“內(nèi)部” Sanger命名法中的同一克隆標(biāo)記為：“ zC15B7”。從BACPAC資源中心（BPRC，@CHORI）訂購(gòu)克隆時(shí)，
bacpacresources CHORI-211說(shuō)明書
Provisional data for CHORI-211 Zebrafish Tue strain Dani rerio BAC Library:
Segment | 1 | 2 | All |
Vector | pTARBAC2.1 | pTARBAC2.1 | pTARBAC2.1 |
Restriction Enzyme | EcoRI/EcoRI Methylase | EcoRI/EcoRI Methylase | EcoRI/EcoRI Methylase |
DNA Source | sperm | sperm | sperm |
Plate Numbers | 1-144 | 145-288 | 1-288 |
Plate Count | 144 | 144 | 288 |
Empty Wells | 1314 (2.38%) | 1278 (2.31%) | 2592 (2.34%) |
Non-Recombinant Clones | 0 (0%) | 41 (0.08%) | 41 (0.04%) |
Non-Insert Clones | Approx. 648 (1.2%) | Approx. 1404 (2.6%) | Approx. 4104 (3.8%) |
Recombinant Clones | 53334 | 52573 | 103855 |
Average Insert Size | 171 Kbp | 160 Kbp | 165.7 Kbp |
Genomic Coverage | 5.4X | 5X | 10.4X |
組的。
CHORI-211克隆插入片段大小分布的數(shù)據(jù)已通過(guò)脈沖場(chǎng)凝膠電泳確定。克隆大小分布已以
