液相色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要留意： 液相色譜柱柱性能可能由于所使用的樣品、活動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是*條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。
1、樣品的前處理：
a、使用活動相溶解樣品。
b、使用予處理柱除往樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。
c、使用0.45μm的過濾膜過濾除往微粒雜質。
2、活動相的配制：
液相色譜是樣品組分在柱填料與活動相之間質量交換而達到分離的目的，因此要求活動相具備以下的特點：
a、活動相對樣品具有一定的溶解能力，保證樣品組分不會沉淀在柱中(或長時間保存在柱中)。
b、活動相具有一定惰性，與樣品不產生化學反應(特殊情況除外)。
c、活動相的黏度要盡量小，以便在使用較長的分析柱時能得到好的分離效果；同時降低柱壓降，延長液體泵的使用壽命(可運用進步溫度的方法降低活動相的黏度)。
d、活動相的物化性質要與使用的檢測器相適應。如使用UV檢測器，使用對紫外吸收較低的溶劑配制。
e、活動相沸點不要太低，否則輕易產生氣泡，導致實驗無法進行。
f、在活動相配制好后，一定要進行脫氣。除往溶解在活動相中的微量氣體既有利于檢測，還可以防止活動相中的微量氧與樣品發生作用。
3、活動相流速的選擇：
因柱效是柱中活動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的柱效。對于一根特定的色譜柱，要追求*柱效，使用*流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1ml/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8ml/min為佳。
當選用*流速時，分析時間可能延長。可采用改變活動相的洗滌強度的方法以縮短分析時間(如使用反相柱時，可適當增加甲醇或乙腈的含量)。
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