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在日常分離分析工作中，色譜柱的正確使用和維護十分重要，色譜柱使用是否得當，直接影響色譜柱的壽命，稍有不慎就會降低柱效、縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操縱過程中，需要留意下列題目，以維護色譜柱。
(1)柱子在裝卸、更換時，動作要輕，接頭擰緊要適度。必須防止較強的機械振動，以免柱床產生空隙。
(2)假如儀器用來做常規分析，樣品種類有限，但分析次數多，則不妨為每一類常規分析配置一根柱，這樣有助于延長柱子的壽命。
(3)避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的忽然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況;柱壓的忽然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
(4)應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
(5)如使用柱溫控制裝置時，應留意在通人活動相后才能升溫。
(6)一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除往留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
(7)選擇使用適宜的活動相，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一個預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使活動相在進進分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。

8)避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注人柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一個保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
(9)經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保存在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中活動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種活動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50-75mL。
(10)保存色譜柱時應將柱內布滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。盡對禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
(11)色譜柱使用過程中，假如壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗;另一種可能是大分子進人柱內，使柱頭被污染;假如柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。