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液相色譜儀的分離系統由色譜柱、色譜柱的連接部件、柱恒溫裝置和固定相等組成。
一、色譜柱：
液相色譜儀的色譜柱一般用內部拋光的不銹鋼制成，柱內徑為1～4mm，柱長為10～50cm，柱形多為直形，內部充滿微粒固定相。近年來，由于高性能填充劑的細粒化，3～5um微粒填料的使用，趨向柱內徑為0.8～1.5mm，柱長為3～5cm，柱效為10000理論塔板數/m，所需流動相少，并降低了柱壓要求。
二、色譜柱的連接部件：
液相色譜儀的色譜柱兩端裝有燒結不銹鋼過濾片或多孔聚四氟乙烯過濾片，阻止填料倒出或進入檢測器，防止進樣針頭插入固定相。
三、柱恒溫裝置：
低溫能提高分離選擇性。
適當升高溫度有利于降低溶劑粘度，提高分離速度，降低柱壓力和改善選擇性。
常用柱溫為室溫～65℃。
四、固定相：
1、載體：
（1）表面多孔型載體：由直徑為30～40um的實心玻璃球和厚度為1～2um的多孔性外層組成。
（2）全多孔型載體：由硅膠和硅藻土等材料制成的直徑為30～50um的多孔型顆粒。
（3）全多孔型微粒載體：由納米級的硅膠微粒堆積而成，又稱堆積硅珠。載體粒度為5～10um，由于顆粒小，所以柱效高，是目前使用zui廣泛的一種載體。
2、固定液：
采用化學鍵合固定相。
3、柱填充技術：
（1）干法填充：適合直徑大于20um的填料。
（2）濕法填充：高壓勻漿填充。