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色譜柱在液相系統中起著分離的作用，是液相色譜系統的核心部件之一。由于被分析樣品種類繁多，加之樣品基質復雜，色譜柱極易被強保留物質污染。甚至可能與填料發生相互作用導致填料變性，進而導致柱效下降，分離度降低和峰型異常等現象。因而液相色譜柱的維護是十分必要的。

1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動

溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此，在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。

2、應逐漸改變溶劑的組成

特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。

3、一般說來色譜柱不能反沖

只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。

4、選擇使用適宜的流動相(尤其是pH)，以避免固定相被破壞。

有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。

5、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。

在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右。