農殘專用柱是由柱管、壓帽、卡套（密封環）、篩板（濾片）、接頭、螺絲等組成的。柱管多用不銹鋼制成，壓力不高于70kg/cm2時，也可采用厚壁玻璃或石英管，管內壁要求有很高的光潔度。
在操作農殘專用柱的過程中需要多注意以下事項：
1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使其從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓的突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時閥的轉動不能過緩。
2、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然，流動相使用前必須經脫氣和過濾處理。
3、一般來說不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去留在柱頭的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
4、選擇使用適宜的流動相，以避免固定相被破壞。有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠時，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免柱中的硅膠基質被溶解，壓力升高是需要更換預柱的信號。
5、避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱內，需要對樣品進行預處理或者在進樣器和該產品之間連接一保護柱。保護柱一般是填有相似固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
6、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質。在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50～75ml。
7、避免使用高粘度的溶劑作為流動相；如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈。
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