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人體腸道內生活著多達1000多種共生微生物，這些微生物遺傳信息的總和就稱為“微生物組”。近年來，微生物組研究受到了人們的極大重視，甚被稱為是人體的“第二基因組”。

現在，越來越多的研究將人體腸道菌群與疾病關聯起來，例如自閉癥、癌癥和糖尿病等。研究界的這種熱情也感染了公眾，紐約時報曾以頭條宣告“We Are Our Bacteria”。

有研究者認為，抗生素的使用會嚴重破壞微生物組，進而對人體健康產生可怕的影響。也有公司開始為個人提供微生物組的分析和解讀。此外，糞便移植也被提出用于治療糖尿病、阿爾茨海默癥等疾病。

回顧之前的種種“組學”熱我們可以看到，技術進步賦予了人們分析基因組、蛋白質組、代謝組的能力，于是便有大量研究將這些分子的狀態與人體健康起來。然而，這些研究的后續工作往往后繼無力，情況反而越來越復雜。因此，在微生物組紅得發紫的今天，多一點懷疑和批判精神是很有必要的。（延伸閱讀：Science重要發現：癌癥與微生物組）

對微生物組熱潮進行了反思。文章指出，在接受一項新結論之前，我們應該先提出五個問題：

研究有沒有檢測到有意義的差異？微生物組圖譜主要依賴16S rRNA分析，能提供門、屬、種的信息，但這種分類還不夠細。舉例來說，有研究鑒定了與糖尿病有關的微生物組，是細菌不同門之間呈特定比例，這未免太過于寬泛。這相當于是認為100只鳥和25只蝸牛組成的鳥舍等同于有8條魚和2只烏賊的水箱，只因為鳥舍和水箱里的脊椎動物和軟體動物之比都是4:1。另外，就算是同一個屬的微生物，所含基因也往往大相徑庭。

如今的技術其實可以做到更細致的分類，我們可以通過破譯“代謝網絡”來理解微生物組進行的生化反應，并在此基礎上鑒定對健康有影響的基因組合。不過這就要求研究者對整個網絡有一個透徹的了解。

研究是否明確了因果關系？在鑒定疾病相關微生物組時，我們需要確定這種關系到底是不是因果關系，因為這種特別的微生物組有時可能只是個副產物。

一項研究發現，住在養老院里的老人微生物組與住在社區里的老人不同，而且這種差異與體質強弱。作者在考慮了多種因素后指出，飲食能夠改變微生物組進而影響健康狀況。這種結論的確與數據相符，但研究者卻沒能反向證明這樣的因果關系。因為可能影響微生物組的因素很多，比如免疫系統比較不活躍，消化能力較弱等等。