瓊脂糖凝膠具有網絡結構，物質分子通過時會受到阻力，大分子物質在涌動時受到的阻力大，因此在凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。在瓊脂糖凝膠電泳緩沖液又幾種適用于天然雙鏈DNA的電泳。
瓊脂糖凝膠電泳緩沖液配置
常見瓊脂糖凝膠電泳緩沖液配制（如圖）
TBE通常作為5×或10×的貯存液配制和貯存。這種濃的貯存液pH應為8.3左右，它在應用前稀釋，并用同一種貯存液制備凝膠溶液和瓊脂糖凝膠電泳緩沖液。
上述三種電泳緩沖液都比較好用，三者中TAE的緩沖容量低，長時間電泳會被消耗。此時的凝膠的陽性一側將發生酸性化，凝膠中向陽極遷移的溴酚藍的顏色呈藍紫色到黃色的變化，所以需要定期更換緩沖液。
瓊脂糖凝膠電泳緩沖液配方注意事項
a.TBE濃儲存液長時間存放后會形成沉淀物，為避免這一問題，可在室溫條件下用玻璃瓶保存5X溶液，出現沉淀后則予以廢棄。以往都以lX作為使用液(即1：5稀釋濃儲存液)進行瓊脂糖凝膠電泳。但0．5X的使用液已具備足夠的緩沖容量。目前幾乎所有的瓊脂糖凝膠電泳都以1：1
稀釋的儲存液作為使用液。進行聚丙烯酰胺凝膠電泳使用的lXTBE，是瓊脂糖凝膠電泳時使用液濃度的2倍。聚丙烯酰胺凝膠垂直槽的緩沖液槽較小，通過緩沖液的電流量通常較大，需要使用1XTBE以提供足夠的緩沖容量
b.堿性瓊脂糖凝膠電泳緩沖液應現用現配
在配制瓊脂糖凝膠電泳緩沖液時，不論哪一種都需要加適量的EDTA，以除去2價金屬離子。另外，硼酸與瓊脂糖易形成復合物，使凝膠帶負電荷，可能會吸附帶正電荷的物質。
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