瓊脂糖是線性多糖，是由半乳糖和內醚半乳糖這兩種單糖交替連接構成的。瓊脂糖為白色或微黃色的粉末，無臭。溶于熱水及二甲基亞砜及甲酷胺溶液中。瓊脂糖具有溶膠礙熱可逆特性。瓊脂糖具有親水性，并幾乎*不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。 瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質量較好的瓊脂糖強度通常在1200 克/cm2以上(1%膠濃度)。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。
在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲，電內滲對質點的移動產生影響。
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