質粒是細胞內的一種環狀的小分子DNA，是DNA重組的常用載體，在DNA重組中，質粒或經過改造后的質粒載體可通過連接外源基因構成重組體。在質粒提取過程中，多數質粒粗提取物中含有三種構型的質粒：共價閉合環DNA（cccDNA）、質粒的兩條鏈沒有斷裂、超螺旋開環DNA（ocDNA）、質粒的一條鏈斷裂、松弛的環狀分子線形DNA（lDNA）：質粒的兩條鏈均斷裂；線性分子質粒DNA的分子構型。
質粒小量提取的方法
1.將3~5ml菌液13,000rpm離心30秒收集沉淀（菌體）。 如果用1.5ml或2ml離心管則需反復離心2～3次。
2.倒掉上清，將沉淀（菌體）*懸浮于100μl懸 浮液（溶液I）中。上清要盡可能去除干凈，可用濾紙吸干。沉淀要 用混旋器*懸浮，否則將直接導致下一步的裂 解不*，進而影響質粒DNA的產量和純度。
3.加入150μl裂解液（溶液II），輕柔地顛倒混勻10 次左右，溶液逐漸變得粘稠、清亮。不可用混旋器劇烈振蕩，否則會使質粒DNA斷裂； 裂解時間不宜超過5分鐘，否則會造成染色體DNA 的污染及質粒DNA的產率降低。
4.加入150μl中和液（溶液III），輕柔地顛倒混勻10 次左右。 此時可見到白色絮狀的染色體DNA及細菌碎片。
5.13,000rpm離心8~10分鐘，將上清液小心轉入一 37個新的1.5ml離心管中，加入0.4ml純化樹脂（使 用前充分混勻），顛倒混勻3分鐘。此步是通過離心去除染色體DNA及細菌碎片，并使處于高鹽狀態下的質粒DNA與純化樹脂結合。
6.將純化樹脂及上清液的混合物吸入離心純化柱中，13.000rpm離心30秒，倒掉收集管中的廢液。
7.將離心純化柱重新套入廢液收集管中，加入600μl 80%異丙醇（或80%乙醇），13.000rpm離心1分 鐘，倒掉收集管中的廢液。 如果離心純化柱底部殘留有異丙醇（或乙醇），可 用濾紙吸干，否則將影響以后的酶促反應。此步 是洗滌質粒DNA中混有的雜質及鹽類。
8.重復第7步1~2次，盡可能將雜質去除。
9. 取出離心純化柱，將其套入一個干凈的1.5ml離 心管，開蓋放置2~3分鐘，將殘留的異丙醇(或乙 醇)揮發干凈。加入50μl TE緩沖液(若用于測序， 則加50μl超純水)于純化樹脂上，不能粘在管壁 上。室溫下放置3分鐘后，13,000rpm離心1分鐘。 此步是將純化樹脂上的DNA洗脫下來。如果對質粒DNA的需求量較大，則重復此步驟1～2次，這 樣可以獲得高產量的質粒DNA。TE緩沖液或無菌 超純水的用量視用戶對濃度的要求而定。離心純化柱放入離心管中，若蓋不上蓋子，亦沒有關系,可開蓋離心。
10.離心管中收集的液體即是洗脫下來的質粒 DNA，取1～2μl電泳（0.8%瓊脂糖，120V，15～ 20分鐘）檢測其純度并目測定量。 若發現有RNA 污染，可加入0.5μl RNase A （10mg/ml），37℃保溫30分鐘。此操作不影響其 后續實驗。
質粒小量提取注意事項
1、使用前請先檢查溶液Ⅱ和溶液Ⅲ是否出現混濁，如有混濁現象，可在37℃水浴中加熱幾分鐘，待溶液恢復澄清后再使用。溶液Ⅱ、溶液Ⅲ和漂洗液使用后應立即擰緊蓋子。
2、洗脫緩沖液體積不應少于50ul，體積過小影響回收效率;洗脫液的pH值對洗脫效率也有影晌，若需要用水做洗脫液應保證其pH值在8.0左右(可用NaOH將水的pH值調此范圍)，pH值低于7. 0會降低洗脫效率，DNA產物應保存在-20℃，以防DNA降解。
3、如果所提質粒為低拷貝質粒或大于10kb的大質粒，應加大菌體使用量，使用5-10ml過夜培養物，同時按照比例增加溶液Ⅰ、溶液Ⅱ和溶液Ⅲ的用量，吸附和洗脫時可以適當的延長時間，以增加提取效率。
4、DNA濃度及純度檢測：得到的質粒DNA純度與樣品保存時間、操作過程中的剪切力等因素有關。得到的DNA可用瓊脂糖疑膠電泳和紫外分光光度計檢測濃度與純度。 DNA應在OD260處有顯著吸收峰，OD260值為1相當于大約50ug/ml雙鏈DNA、 40ug/ml單鏈DNA。OD260/OD280比值應為1.7-1.9，如果洗脫時不使用洗脫緩沖液，而使用去離子水，比值會偏低，因為pH值和離子存在會影響吸光值，但并不表示純度低。
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