質粒提取常見問題
常見問題 1:
可能原因 :大腸桿菌老化
建議解決方案:請涂布平板培養后，重新挑選新菌落進行液體培養
可能原因 :質粒拷貝數低
建議解決方案:由于使用低拷貝數載體引起的質粒DNA提取量低，可更換具有相同功能的高拷貝數載體。
可能原因 :溶液使用不當
建議解決方案:溶液P2和P3在溫度較低時可能出現渾濁，應置于37℃保溫一段時間，直溶液變為清亮后才能使用。
可能原因 :質粒未全部溶解(尤其質粒較大時)
建議解決方案:洗脫溶解質粒時，可適當加溫或延長溶解時間。
可能原因 :洗脫液加入位置不正確
建議解決方案:洗脫液應加在硅膠膜中心部位，確保洗脫液能*覆蓋硅膠膜的表面以達到大洗脫效率。
可能原因 :洗脫液不合適
建議解決方案:DNA只在低鹽溶液中才能被洗脫，如TE和水；洗脫液pH值過低會降低洗脫效率，應確保洗脫液pH值在7.0-8.5之間，當用水洗脫時確保其pH值在此范圍內；洗脫時可將洗脫緩沖液在65-70℃水浴預熱，加入洗脫液后在室溫靜置2-5分鐘，可提高洗脫效率。
可能原因 :洗脫體積太小
建議解決方案:洗脫液體積若小于30μl，則不易*浸透硅膠膜，使洗脫效率降低；洗脫液體積若超過200μl，則所得的DNA濃度會降低，但DNA總量不會減少。為了得到較高的洗脫效率可以適當增大洗脫液體積。
可能原因 :洗脫時間過短
建議解決方案:洗脫時間對回收率也會有—定影響，洗脫時放置2分鐘可達到較好的效果。
可能原因 :堿裂時間過長
建議解決方案:加入溶液P2后裂解時間不應超過5分鐘。
常見問題 2:質粒純度不高
可能原因 :混有蛋白
建議解決方案:菌體不要過量。經溶液P1、P2和P3處理并離心后溶液應為澄清的，如果還混有微小蛋白懸浮物，可再次離心去除。
可能原因 :混有RNA
建議解決方案:RNase A處理不*，請減少菌體用量或加入溶液P3后室溫放置一段時間。若溶液P1已保存6個月以上，請在溶液P1中添加RNaseA。
可能原因 :混有基因組DNA
建議解決方案:加入溶液P2和P3后應溫和混勻，如果劇烈振蕩，可能把基因組DNA剪切成碎片從而混雜在質粒中。如果加入溶液P2后過于粘稠，無法溫和混勻，請減少菌體用量。細菌培養時間過長會導致細胞和DNA的降解，培養時間不要超過16小時。
可能原因 :含大量核酸酶的宿主菌
建議解決方案: 宿主菌含大量核酸酶，在質粒提取過程中降解質粒DNA，影響提取質粒DNA的完整性，好選用不含核酸酶的大腸桿菌宿主菌，如DH5α和*0。
可能原因 :質粒的二聚體和多聚體形式
建議解決方案:是在質粒復制過程中形成的，與宿主菌相關，電泳可檢測出多條條帶，單酶切處理后可變成單一條帶。
可能原因 :乙醇殘留
建議解決方案: 漂洗液洗滌后應離心盡量去除柱中殘留液體，并晾干吸附柱。如果DNA已經洗脫出來，可以用酒精沉淀DNA并風干，然后再溶解。
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