在調查中發現, 很多生物實驗室的安全柜安裝放置位置不符合生物安全要求。主要存在問題是生物安全柜未放置在回風口一側, 違背了生物安全實驗室氣流流向從清潔（空間向∋污染（空間流動的原則,不易把實驗室內形成的污染空氣從排風口及生物安全柜內帶走, 極易造成室內回流與渦流。
  調查中還發現, 很多使用單位選擇安全柜過分超前,常常在 A 2型能滿足應用的情況下選用 B2型, 造成問題很多。一是 B2型安全柜排氣量達到約 1 600 m3/h （型號不同有差異） ,如果房間沒有足夠的補充風量, 安全柜不能開啟, 根本無法正常工作,有很多實驗室無奈只好打開門開機,這顯然不符合生物安全實驗室規范要求。二是室內空氣大量外
排,要保證實驗室內溫度滿足實驗要求,需要空調和加熱器的負荷非常大, 現已建好的實驗室根本無法滿足,也造成能源浪費。三是還有一些單位選擇帶有電動前窗的安全柜, 誤以為電動就是功能超前。其實不然,因為安全柜在路供電系統情況下,如果突然停電,電動窗無法關閉, 有害物外泄會造成實驗室污染和感染事件, 而且, 不論電動還是手動,操作高度都是固定的, 因而這種電動功能意義不大并有很大潛在危害。因此, 安全柜的選擇應根據自身實驗對象需要,主要從安全柜的性能考慮,如過濾器、 風路設計、 報警裝置、 負壓保護、 氣流組織、 噪音強度等指標比較安全柜的優劣。
      另外,有的生物安全柜放置于通道處或者是主實驗室間的入口處,工作人員的頻繁走動以及開關門,極易破壞安全柜的氣流,應盡量把安全柜安放在有利于形成氣流由清潔區域流向污染區域的單向氣流流型的地方, 同時生物安全柜后方與兩個側面應各留出 30 cm的空間, 以便于日后維護,頂部應留出 30~ 35 cm的空間,以便準確測量空氣通過排風
過濾器的速度,并便于排風過濾器的更換。
      隨機調查觀察中發現, 實驗人員存在使用生物安全柜操作不當現象,主要表現在相關檢測人員在生物安全柜內菌種傳代、 劃平板時使用酒精燈灼燒接種環,這是一種非常不安全的操作,首先是明火會破壞定向氣流的方向,并且在處理揮發性物品和易燃物品時,也易造成危險;其次是酒精燈燃燒溫度升高對安全柜頂層的過濾膜有損害, 加速其老化。如
果頂層的過濾膜失去作用, 所謂生物安全柜也就失去其應有的作用。建議接種環、 接種針滅菌時使用微型燃燒器。