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1、細胞壁組分分析
細胞壁組分分析首先應用于放線菌分類中，把它作為區分“屬”的依據之一。它比單純用形態進行分類更全面。
2、紅外光譜IR
一般認為，每種物質的化學結構都有特定的紅外光譜。若兩個樣品的吸收光譜*相同，可以初步認為它們是同一種物質。因此，紅外光譜技術被應用到微生物的分類中。
根據有關學者的試驗表明，這種方法簡便快速，樣品少，結果較好，不僅可以初步了解各屬菌的細胞成分的化學性質，同時也有助于微生物間系統發育關系的探索。但是它也有不足之處，借助于紅外線光譜區分屬內的種和菌株是困難的，但可以作為“屬”的分類特征。
3、氣相色譜GC
4、液相色譜HPLC
5、質譜分析MS