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羅氏454測(cè)序系統(tǒng)新近解讀大西洋鱈魚(yú)基因組
閱讀：1252 發(fā)布時(shí)間：2011-9-2| | |
zui近《自然》雜志在線(xiàn)發(fā)表的一項(xiàng)研究中，一個(gè)研究小組完成了大西洋鱈魚(yú)全基因組測(cè)序，并意外發(fā)現(xiàn)這個(gè)物種的*的免疫系統(tǒng)。由奧斯陸大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)，挪威的大學(xué)以及水產(chǎn)生物研究機(jī)構(gòu)利用羅氏公司454測(cè)序系統(tǒng)完成了這一高度復(fù)雜的鱈魚(yú)的基因組的全新測(cè)序，而其所用測(cè)序方法的時(shí)間和成本比起傳統(tǒng)方法而言的只是一小部分。引人注目的是，研究人員發(fā)現(xiàn)，大西洋鱈魚(yú)的免疫系統(tǒng)丟失了許多被認(rèn)為對(duì)于免疫系統(tǒng)是非常重要的基因。這一調(diào)查結(jié)果對(duì)于所有的脊椎動(dòng)物免疫系統(tǒng)的進(jìn)化過(guò)程提供了新的思路。
奧斯陸大學(xué)生態(tài)和進(jìn)化的合成研究中心Kjetill南教授雅各布森說(shuō)：“我們的目標(biāo)是利用的測(cè)序技術(shù)獲得的大西洋鱈魚(yú)整個(gè)基因組序列，我們?cè)静](méi)有預(yù)計(jì)會(huì)發(fā)現(xiàn)大西洋鱈魚(yú)的其免疫系統(tǒng)缺失一些對(duì)于于免疫而言的重要組成部分。”盡管缺少對(duì)于主要組織相容性復(fù)合體（MHC）II途徑的一些必要的基因，大西洋鱈魚(yú)通過(guò)增加的MHC I基因和Toll樣受體基因的數(shù)量來(lái)維持其正常的免疫功能。這一發(fā)現(xiàn)將幫助更有針對(duì)性的開(kāi)發(fā)疫苗研制，以協(xié)助大西洋鱈魚(yú)的疾病管理和馴化過(guò)程。 這次完整的基因組的測(cè)序工作*由454測(cè)序系統(tǒng)完成，使用了GS FLX Titanium的3 KB，8 KB和20 KB paired end 以及shot gun方案。zui終，研究人員獲得40倍的基因組的覆蓋面和運(yùn)用454 GS的De Novo序列拼接軟件（Newbler）繪制出了高質(zhì)量的草圖。該研究組計(jì)劃利用注釋后的基因組確定與水產(chǎn)養(yǎng)殖及野生的鱈魚(yú)重要性狀相關(guān)的基因及其變異。 點(diǎn)擊索取454測(cè)序儀的資料 Kjetill S. Jakobsen 教授說(shuō)：“我們的研究很清楚地表明，只使用454系統(tǒng)已經(jīng)完成大基因組的測(cè)序以及的全新基因組拼接。我們發(fā)現(xiàn)長(zhǎng)讀長(zhǎng)數(shù)據(jù)對(duì)保證結(jié)果質(zhì)量是*。我們的下一步是使用zui近推出的GS FLX+系統(tǒng)的更長(zhǎng)的讀長(zhǎng)來(lái)提高鱈魚(yú)基因組序列的拼接。我們相信超過(guò)800bp的讀長(zhǎng)將會(huì)幫助我們完成鱈魚(yú)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及完整的基因組注釋。” 454 Life Sciences研發(fā)部門(mén)的James Knight說(shuō)：“這是454測(cè)序系統(tǒng)又一次完成從測(cè)序、基因組拼接到基因注釋的實(shí)例。我們超長(zhǎng)讀長(zhǎng)，準(zhǔn)確的測(cè)序結(jié)果和優(yōu)化基因組拼接軟件可以幫助任何規(guī)模的實(shí)驗(yàn)室有效地開(kāi)展這種類(lèi)型的大的測(cè)序項(xiàng)目。” |
