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NA是除HA外的另一種病毒囊膜表面糖蛋白，以同源四聚體形式存在，呈蘑菇狀，也具有亞型和株的特異性。NA在子代病毒從宿主細胞表面釋放時，能防止病毒聚集，并促進病毒穿過覆蓋在呼吸道上皮細胞的黏液而擴散。其機制是NA具有廢除受體的酶活性，它能祛除宿主細胞表面唾液酸殘基，否則當新生病毒在出芽時，會立即與唾液酸殘基（病毒受體）結合并聚集而成簇成團，不能釋放到細胞外。

Goto等對zui早的人流感病毒分離株A／WS／33（HIND進行了研究并提出了能解釋流感病毒毒力的另一種機制。A／WS／33經過在小鼠的腦內接種與多次傳代獲得了毒力改變的病毒株A／WSN／33，雖然HA不含多堿性氨基酸裂解序列，但在細胞培養中不需要外源絲氨酸蛋白酶就可產生病變，并且在動物傳代時獲得了神經嗜性和高致病力。解釋A／WSN／33病毒毒力的新機理主要是病毒的NA糖蛋白能結合血清中的一種絲氨酸蛋白酶--宿主血纖維蛋白溶酶原。Goto等認為，A／WSN／33病毒NA的C末端有一個賴氨酸殘基（1ys453），它能與血清中一種絲氨酸蛋白酶（即纖維蛋白酶）原連接，高水平的該蛋白酶結合在病毒粒子附近，可直接激活了HA的裂解。

此外，NA 146位上一個糖基化位點的喪失對于HA的血纖維蛋白溶酶原的活性也是很重要的，因為這個糖基化位點是蛋白酶結合的空間障礙。若在NAl46位恢復這個糖基化位點，那么它就抑制了HA的血纖維蛋白溶血酶原的裂解性。而在A／WS／33病毒中，NA具有賴氨酸C末端，并且有一個糖基化位點，它不能結合血纖維蛋白溶酶原。Castrucci等（1993）通過反向遺傳操作A／WSN／33的NA基因結果還顯示，NA蛋白莖部長度對其生物學活性很重要，NA莖長在o～52個氨基酸的長度變化時，病毒在組織培養的復制能力無變化，然而在雞胚中莖越長，病毒的復制能力越好，NA蛋白無莖，則病毒只局限在呼吸器官復制。