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電泳色譜儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，影響電泳速度的因素有顆粒性質、電場強度、溶液性質、溫度、電滲和載體孔徑等。
一、顆粒性質：
        顆粒的直徑、形狀和靜電荷。
二、電場強度：
        電場強度越大，帶電顆粒的電泳速度越快。
三、溶液性質：
        電極溶液和蛋白質樣品溶液的pH、離子強度、粘度。
四、溫度：
        毛細管內溫度升高，使溶液粘度下降，電滲流速度增大。
五、電滲流：
        顆粒運動的方向與電滲流方向一致時，加快顆粒的遷移率。反之亦然。
六、載體孔徑：
        小孔徑載體有分子篩作用，能依分子大小和帶電不同等分離分子，即具有篩分分子的作用。