防疫站污水處理設備對于綜合醫院（不帶傳染病房）污水處理可采用“預處理→一級強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀（過濾）去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。

防疫站污水處理設備經化糞池進入調節池，調節池前部設置自動格柵，調節池內設提升水泵。污水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。

調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。

全過程控制原則。對醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道。就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。 分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。