集菌儀的作用是檢驗供試品是否含菌的儀器，配套集菌培養器使用。主要用于注射用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等。其檢測過程是，供試品通過進樣管道連續被注入集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過0.45微米孔徑的濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。廣泛適用于注射用無菌制劑的無菌檢測，包括抗生素類及含有抑菌成份的藥品、大輸液、水針劑、滅菌醫療器具、無菌注射用水等，也可用于食品、飲料行業等微生物限度檢查。

不同于集菌儀的用途是，無菌檢查薄膜過濾器，不僅符合中國藥典2015版，也是國家藥品GMP認證的*儀器。其是專門用于微生物限度檢查的。中西藥制劑均適用。